菌肥亦稱生物肥、生物肥料、細菌肥料或接種劑等，但大多數人習慣叫菌肥。確切地說，生物肥料是菌而不是肥，因為它本身并不含有植物生長發育需要的營養元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改善作物的營養條件。
做為生物技術核心內容的菌肥在農業生產有什么重要意義，它和有機質和摻復混肥有什么關系，已經到了廣大農民必須掌握，并應用到農業生產實踐的關鍵時刻。
微生物與土壤的關系。土壤是巖石經過風化，增加了透水性和透氣性，巖石中的無機鹽類，經過微生物作用逐漸將無機物，轉變成有機物，使土壤有了有機質，從而增強了微生物活動的食物鏈。巖石經過若干年的生態循環后，形成巖石土壤和農業土壤，使死土變活土，活土變成油土。可以說沒有微生物就沒有土壤，微生物是產生土壤、土壤營養和植物生長的基石。
微生物與土壤養分的關系。
一是自然界中有機營養的轉化。大自然中動植物的殘體，各種纖維素、果酸、木質素、及脂類物質，都是經過霉菌、細菌、放線菌、病毒、梭菌共同配合，分解成有機物，后再經過微生物分解成氨，形成動植物可以利用的蛋白質、氨基酸，這樣周而復始的轉化，使植物進化和發展。
二是土壤中無機營養的轉化。土壤中的不易溶解的磷、鉀和中微量元素，不能被莊稼直接吸收和利用，而細菌等微生物，通過氨化反應，消化與反硝化作用，并在解磷、解鉀菌配合下，使無機物變成可溶性肥料被植物所吸收。
三是共生關系。土壤中根瘤菌，固氮菌、放線菌等菌類與植物形成共生關系，它們依附于植物體奪取土壤和土壤空氣中的氮素，使土壤得到改良，增進團粒結構，改變了土壤三態，促進了作物的生長，植物與菌類終生不可分離。
微生物與莊稼的關系。
（一）菌類是防治植物病蟲害的無公害。微生物中的放線菌、病毒和真菌產生的分泌物，如蘇云桿菌、白僵菌、5406菌、鏈霉菌、多角病毒，僅防治病害幾百種，防治害蟲就可高達 200余種。
（二）微生物是各種農家肥、各種堆肥分解轉化的不可替代的物質，也是環境保護、沼氣生產必不可缺的分解物質，是莊稼的生命之源。
（三）微生物分解的赤霉素、有機酸、醇類成了莊稼不可缺少的營養物質和植物生長調節劑。
微生物和有機質的關系。有了微生物才產生了有機物，有了有機物才產生了有機質，微生物才有了生存能量，生活的場所，生命發展的基地。反之也有了有機質的累積和多效功能的發揮。在普通土壤中，每克土壤微生物菌類只有成百上千個，而有機質的含量也只有一。而在摻復混肥中，每克有機質顆粒微生物含量有2000萬個，有機質含量達到20%,是土壤有機質含量的幾十倍。這些微生物和有機質形成共生體。在土壤中形成星火燎原之勢，為土壤肥力轉化提高，莊稼的健康生長，提供著巨大能量。實踐中摻復混肥連續使用三年，土壤可提高一個等級，是有機農業，綠色食品發展的必由之路，其功不可沒，可以說沒有微生物的發展，就沒有農業發展的未來。
利用土壤中一些有特定功能的細菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保護生態環境等明顯的生態效益，是21世紀生態農業的肥料。但長期以來，由于一些菌肥效果不穩定，菌數少，無效和有害的雜菌多，細菌在土壤中成活率低，造成菌肥對作物增產的效果不理想，農民不愛使用
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